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清理苹果手机的短信可以按照以下步骤进行。
1、打开“信息”应用：从手机主屏上找到信息应用图标，并点击进入。
2、选择要删除的短信：在短信列表中，找到需要清理的短信，可以一条一条地选择，也可以通过长按某条短信来批量选择。
3、删除短信：对于单条短信，可以直接左滑或右滑来删除，对于批量短信，长按某条短信后会出现更多选项，如“删除对话”、“更多”等，可以选择“删除对话”来删除与该联系人的所有短信对话，如果选择了“更多”，则会显示一个列表，可以在列表中勾选要删除的短信，然后点击“删除”。
4、使用搜索功能找到并删除特定短信：如果知道要删除的短信中包含了某个关键词，可以使用搜索功能来快速找到并删除这些短信。
5、使用iTunes备份恢复功能（可选）：如果误删了重要的短信，可以使用iTunes备份恢复功能来尝试找回，但请注意，这将会覆盖当前手机上的数据，因此在进行此操作前请确保已备份所有重要数据。
操作可能会因不同的手机型号或系统版本而有所不同，如果在操作过程中遇到任何问题，建议查阅苹果官方手册或联系苹果客服支持获取帮助。